尼可地尔的主要副作用有头痛、恶心、呕吐、头晕、发热、倦怠。严重副作用有：肝功能障碍、黄疸、血小板减少、口腔溃疡、舌溃疡、肛门溃疡、消化道溃疡。此外，还有可能有其他的副作用，如全身倦怠、不适感、胸痛、下肢浮肿、眩晕感、耳鸣、失眠、困倦、舌头麻木、肩膀酸痛等。还有腹泻、便秘、胃积食、胃部不适、胃痛、腹痛、腹部胀满、口角炎、口渴、颈部疼痛、复视。 正在服用具有磷酸二酯酶5阻断作用的勃起障碍治疗剂，如西地那非的患者禁用。肝功能障碍及青光眼的患者谨慎使用。