霉菌性肠炎的治疗主要是服用抗真菌的药物来进行治疗，一般可以考虑用抗真菌的药物，并且配合服用蒙脱石散以及抗菌消炎的药物来进行调理。另外也要注意多进行休息，一般有霉菌侵袭到肠道粘膜，所以引起的肠炎的症状，这个时候一定要及时的治疗，并且多注意饮食的调理，避免吃一些不干净的食物。出现肠炎后一定要及时的补充水分，避免出现电解质紊乱的情况。同时一定要加强营养，提高自身的抵抗力，不要吃辛辣刺激，生冷的食物。