从南瓜子的营养成分来看，南瓜子含有含南瓜子氨酸、脂肪油、蛋白质、及维生素A、B1、B2、C，亦含胡萝卜素。脂肪油中的主要成分是亚麻仁油酸、油酸、硬脂酸等的甘油酯。算是很有营养价值的食材，但是在日常生活应用中，南瓜子更多时候被当成是药物，和其他食物共食以消灭蛔虫。而对于男性而言，有人认为南瓜子含有的营养成分对于治疗前列腺疾病很有帮助。