肛门疼痛的原因有很多：一、如果患者经常的腹泻，肛窦储存粪便，有可能导致肛腺口充血水肿，局部感染化脓以后会沿着肛管直肠向周围蔓延，表现为肛门疼痛。二、如果患者有肛管癌，癌肿侵犯肛门括约肌也会引起肛门部疼痛，行直肠指诊，必要时置入肛门镜检查可以明确诊断。三、患者如果承受外力或者异物侵入，比如刀、枪等，可能在肛门周围发现创口，这种也会引起肛门部疼痛，通过肛门视诊结合病史可以明确诊断。