夫妻分开两年不可以申请自动离婚。

【法律依据】

《中华人民共和国婚姻法》第三十二条第四款规定：男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。因感情不和分居满二年的，调解无效的，应准予离婚。