有争议的土地被破坏处理确权问题可以首先通过当事人之间的协商处理，协商不成的可以申请调解、仲裁以及诉讼。综合所述，人民法院审理土地确权案件应该明确适用行政附带民事判决，明确土地权属争议的范围形式，在判决中应确立信赖保护利益，尽量避免引发新的矛盾，取得最佳的社会效果。