尿道口生殖器疱疹治疗和其他部位的生殖器疱疹是一样的，一般需要口服无环鸟苷类抗病毒药物，如阿昔洛韦片、泛昔洛韦片或者伐昔洛韦片，局部外用阿昔洛韦乳膏，喷昔洛韦凝胶；如果水泡破溃，需要使用抗菌消炎的药膏，如红霉素软膏，夫西地酸乳膏。反复发作者需要使用免疫调节药物，如胸腺肽或者转移因子，以上所提到的药物，需要在当地医生指导下使用。