肛门里面如果有疼痛，首先得排除是不是有直肠黏膜下的脓肿，另外就是排除是不是有直肠发炎或者是肛窦发炎的情况。可以先到肛肠科做肛门的指检，同时还可以考虑做肛门镜的检查，必要的时候还可以做电子大肠镜的检查或者是直肠内的超声检查，在诊断明确以后，及时的进行治疗。如果是直肠黏膜下的脓肿或者肛周脓肿，一般是需要通过手术进行治疗。如果是有直肠发炎或者是肛窦发炎，一般是康复新液进行保留灌肠配合药膏和药栓经直肠给药。