临床上对于更年期抑郁症的治疗，主要通过药物治疗，心理治疗和物理治疗。但是也要考虑到更年期患者其对药物的吸收有不同，所以说在用药时要注意达峰时间，半衰期时间，及吸收和蛋白合成时间。用药时一定要选择对更年期女性或是更年期男性比较有利的药物，如首选的是五羟色胺再摄取抑制剂，如舍曲林，艾司西酞普兰，西酞普兰这些药物的最大优点是抗胆碱能及心血管不良反应较轻，而且不良反应少，治疗效果好等方式。另外选择用药时也要注意更年期患者血压的变化，对于有些引起高血压的药物一定要注意。另外在治疗过程中，要定期监测血常规，肝功，肾功，血糖，血脂等指标，要注意药物间的相互作用，在心理治疗上以认知行为疗法作为一线治疗方法。而物理治疗首选是重复经颅磁刺激治疗。