阴茎隐隐作痛，可能为以下原因所导致：1.如果患有阴茎海绵体硬结症，就会导致阴茎隐隐作痛。尤其是阴茎在勃起以后，疼痛的症状会比较严重，海绵体局部会存在质地较硬的结节。2.如果男性在性生活的过程当中，用力不当或者是用力过大，可能会导致阴茎内部损伤，也会出现隐隐作痛的症状。可能还伴有少量的出血，在休息3~5天后，可自行恢复。3.如果存在包皮过长或者包茎，有可能出现包皮龟头炎疾病。由于存在炎症感染，就会导致阴茎隐隐作痛。