三个月婴儿咳嗽，大多数是属于炎症感染的原因造成，可能是病毒感染，细菌感染或者支原体感染造成上呼吸道感染，如咽喉部发炎，或者支气管炎，也有可能引起肺炎等情况造成，因此需要查明病原体，针对病原体应用药物治疗。病毒性的感染选择应用抑制病毒生物合成的药物。细菌性的感染，选择应用青霉素类的抗生素或者头孢菌素类的抗生素，如果对这两类抗生素过敏，可以选择大环内酯类的抗生素。并且配合对症治疗。