肛周脓肿一旦形成，除了部分会自行破溃形成肛瘘外，大多需要手术治疗。早期将脓腔切开引流是控制感染和缓解症状的有效方法，切开引流时需要注意对脓腔的定位要准确，可以在切开前做穿刺定位，一些高位的脓肿需要做弧形切口，以免损伤肛门括约肌，切开引流要充分。而对于一些切开引流术中可以明确内口的肛周脓肿，可以将内口一并切开或者挂线，这样可以使肛周脓肿一期愈合，缩短病程，减轻患者的痛苦，这种手术方式称为肛周脓肿一次性根治术。