水果玉米不是转基因的，吃的玉米粒从植物学角度可以分为种皮、胚乳和胚三个部分，影响玉米甜度的关键因素就在玉米的胚乳中。玉米在成熟过程中会通过光合作用产生葡萄糖，并把它们运输到胚乳，以淀粉的形式储存起来。尽管在化学上淀粉是糖的聚合物，但它本身吃起来可没有甜味。我们吃的普通玉米味道不甜，口感粉粉的，就是这个原因。

水果玉米的胚乳中不只有淀粉，还有相对含量很高的水溶性多糖，这就赋予了其不同于普通玉米的甜味。究其背后的原因，是在水果玉米控制淀粉合成的一系列基因中，有一个或几个基因发生了自然的突变，处于纯合隐性状态，切断了部分还原性糖向淀粉转化的过程。这点“小缺陷”反而促成了玉米香甜可口的味道。