在大多数地铁系统中，地铁站原站进出不会扣除乘客的车费。这是因为地铁系统通常采用的是按照乘车距离计费的方式，而地铁站原站进出并没有增加乘客的行驶距离。

但是，需要注意的是，在某些地铁系统中，可能会对地铁站原站进出进行限制。例如，有些地铁系统规定，如果乘客在30分钟内从同一站点进出地铁站多次，只有第一次进站时才会扣除车费，后续的出入站操作将不再扣费。这种规定通常是为了防止乘客滥用地铁系统，进行不必要的站内来回穿梭。

因此，具体是否会扣除车费，需要根据所在地铁系统的规定来确定。如果不确定，可以咨询当地地铁公司或查阅相关规定。