水里生物，原生动物，如草履虫，眼虫，腔肠动物，如水螅，扁形动物，如涡虫，还有节肢动物和其的幼虫等。高等动物有鱼类，两栖类如蛙及其幼虫。植物有藻类，如绿藻。金藻等。还有一些原核生物，如蓝细菌，和其他细菌，放线菌。黄河有许多种类的鱼的，例如主要经济鱼类花斑裸鲤、极边扁咽齿鱼、厚唇裸重唇鱼、黄河裸裂尻鱼、瓦氏雅罗鱼、北方铜鱼(鸽子鱼)、鲤鱼、鲫鱼、娃娃鱼、中华鲟等等。娃娃鱼主要产于长江、黄河及珠江中上游支流的山涧溪流中，一般都匿居在山溪的石隙间，洞穴位于水面以下。