民间借贷纠纷案件举证方式有：

1、证明当事人诉讼主体资格的证据;

2、证明借款关系存在的证据;

3、证明已偿还借款的证据;

4、诉讼请求金额的计算依据。

【法律依据】

《合同法》第二百一十条：自然人之间的借款合同，自贷款人提供借款时生效。