治疗肠炎可以选择抗菌素，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂，肠道微生态制剂等药物进行治疗。肠炎可分为急性肠炎和慢性肠炎。急性肠炎常由病毒或细菌感染引起，患者可以做常规检查，血常规显示白细胞、中性粒细胞升高，就是细菌感染引起的急性肠炎，可以选择头孢或左氧氟沙星治疗。经过有效的抗菌消炎治疗之后，症状可以迅速缓解。如果血常规显示白细胞、中性细胞正常，就是病毒感染引起，可以选择益生菌，如复方嗜酸乳杆菌，双歧杆菌，酪酸菌等，或者是黄连素，蒙脱石散等止泻治疗。慢性肠炎主要包括肠结核，溃疡性结肠炎，克罗恩病等。肠结核是由结核杆菌引起的慢性肠道炎症，可以选择抗结核药物治疗，疗程需要半年到九个月。溃疡性结肠炎和克罗恩病同属于炎症性肠病，可以选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等治疗，疗程需要两年以上，有些患者需要终身维持治疗，可以通过肠镜检查明确诊断。