男性尿道内刺痛可能的原因如下：1、急性尿道炎、膀胱炎或者急性前列腺炎，都会出现尿道内刺痛，尤其是排尿时刺痛明显，伴有尿急、小腹部坠胀，或者伴有会阴区坠胀、疼痛等不适。需要进行尿液常规的化验检查，并且需要进行前列腺液的常规检查，证实是否存在尿路或者前列腺感染。2、如果存在膀胱结石、尿道结石，也可以出现尿道内刺痛，多伴有尿道口出血，或者伴有排尿异常，如尿分叉、尿费力等。需要进行泌尿系统B超检查，或者进行尿道镜检查进一步确诊。3、如果患有性传播疾病，如淋病、非淋球菌性尿道炎等，都可以出现尿道内刺痛，伴尿道内流出黄色的脓性分泌物，伴局部淋巴结肿大和疼痛等。患者都有过不洁的性接触史，需要进行相关分泌物的化验检查，确诊以后积极抗感染治疗。