抚仙湖的形成是强烈的地面断裂活动所形成的地堑式盆地积水所致，所以湖泊长轴延伸方向与南北向构造断裂相一致。抚仙湖西南有一条约1公里的山谷河道叫做隔河（又称海门河），通向星云湖。星云湖的水面比抚仙湖高，湖水日夜从海门河流入抚仙湖。

抚仙湖有一种著名的抗浪鱼，它喜欢抗浪逆行，但从不越过二湖之间的“界鱼石”进入星云湖；星云湖中有一种大头鱼，也常常沿海门河而下，但也不越过“界鱼石”而进入抚仙湖。