结肠炎的发病原因尚不能完全明确，目前公认的可能发病原因有：第一是自身免疫反应，本病并发自身免疫病者较多，肾上腺皮质激素能使病情缓解，在部分患者的血清中可查到抗结肠上皮细胞抗体，所以认为本病的发生可能与自身免疫反应有关。第二是感染，本病的病理变化和临床表现与一些结肠感染性疾病相似。第三是遗传，本病的血缘家庭发病率较高。第四是神经精神因素，精神因素也在发病中起到一定的作用，患者多有某些性格特征，对于生活中重大事件的心理承受能力和适应能力较差。