引起肛乳头肥大的原因，主要是由于肛窦炎。肛窦炎又称肛隐窝，是肛门瓣肛窦以及肛门腺内发生急慢性炎症性的疾病，慢性炎症刺激，通常会导致肛乳头肥大，肛腺集中于肛管的后壁、从分支状，开口向上，容易储存粪便，引发感染和损伤。有时肛窦先天发育异常，某种原因导致刚模与后模之间发生异常融合，形成不规则齿线或者过深的隐窝，容易受到细菌的感染和损伤，形成肛窦炎，从而会导致肛乳头炎以及肛乳头肥大。主要是炎症细胞浸润以后，巨噬细胞还有淋巴细胞聚集，肛隐窝加深，或者较小的乳头状物表面覆盖皮肤，排便后会有短暂的不适。这就是肛乳头肥大的原因。