经常肚子痛、腰酸的原因主要有以下几种：1、消化道的相关疾病，如肠道的炎症、肠道的息肉、肠道的肿瘤，以及肠道的炎性相关疾病，如克隆氏病、溃疡性结肠炎等，此种疾病通常会出现相关的消化道症状，如恶心、呕吐、反酸、腹部隐痛，以及腹泻、大便性状的改变，如大便次数增多或大便变细、变稀、不成形，以及大便带血或带有脓液等，可通过腹部CT、肠镜及胃镜检查明确。2、肾脏的疾病，如肾炎、肾囊肿及肾脏的相关肿瘤等，主要表现为腹痛以及腰部酸痛，伴有小便颜色或者小便次数的改变，可通过肾功能检查、肾脏彩超或肾脏CT等明确。3、对于女性患者，如有妇科的相关疾病，如盆腔炎、卵巢炎、子宫肌瘤等，也会导致相关的症状。4、在缺乏锻炼后，由于肠道功能紊乱、腰大肌肌肉的萎缩或神经方面的炎症，也会导致相关的症状。