发生在肛门内的尖锐湿疣，治疗方法主要是选择手术治疗，常用的手术治疗方案有二氧化碳激光手术治疗，液氮冷冻术，微波治疗，高频电刀治疗等等。除此之外，也可以联合药物来治疗的，常用的主要是抗病毒药，比如伐昔洛韦，阿昔洛韦。外用的药物可以选择干扰素凝胶，鬼臼毒素，米奎莫特等等，具体治疗方案的选择需要在医生评估之后来做选择的。除此之外，发生肛门尖锐湿疣的患者，往往还合并有其他部位的尖锐湿疣，比如说外阴，尿道口，尿道内等等，所以患者也需要同时检查这些部位，如果出现有症状的要及时治疗。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。