尿道疼痛的治疗方法，与引起尿道疼痛的原因有一定的关系。如果尿道疼痛为淋病或非淋菌性尿道炎疾病所引起，应当提取局部的分泌物，进行分泌物培养，确定致病菌的具体类型，然后做进一步的药物敏感试验，选用敏感抗生素类药物进行治疗，治疗周期为三到四周，尿道疼痛的症状可逐渐消失。如果尿道疼痛为尿道结石所引起，对于较小的结石，一般使用药物排石，比如尿石通，排石颗粒等。对于较大的结石，应考虑体外冲击波碎石或手术取石，结石在排出体外后，尿道疼痛的症状会自动消失。