排尿时尿道疼痛的原因主要是急性或慢性的尿道炎。导致尿道炎的病原体常见有淋球菌，链球菌，大肠艾希氏菌，分支杆菌等。出现尿道炎后还伴有尿道刺痛，尿道口分泌物增多，或尿道流脓。尿道的分泌或脓液进行病原体检查，可发现病原体的种类，药敏试验可了解该病原体对何种抗生素治疗敏感，选择高敏抗生素进行抗感染治疗，配合多饮水，不吃辛辣刺激饮食，一般可获得良好的疗效。对于淋球菌或者支原体，衣原体导致的尿道炎，多数是通过性关系和传播的，在治疗时需要对其性伴侣或配偶同时进行诊疗，避免交叉感染。