有很多原因会导致男性射精的时候疼痛，可针对性地进行治疗：1.尿道炎。此病在治疗时，可以遵医嘱使用抗生素进行治疗，但患者需要做尿培养以及药敏试验，选择敏感抗生素进行治疗，同时要多喝水促进排尿，能够帮助冲洗尿道缓解病情，必要时可以尿道内灌注药物治疗。2.前列腺炎。一般也要做尿培养等检查，可通过抗菌药物治疗，疼痛时可结合消炎、止痛药物治疗。对于反复发作的炎症，可采取外科手术治疗。3.急性附睾炎。不严重时要卧床休息，使用阴囊托，严重时应用止痛药物、抗菌药物治疗。