治疗肛瘘可以通过保守治疗以及手术治疗，保守治疗可以作为手术治疗的一种辅助治疗手段，通过药物治疗可以控制感染，减轻症状。如果想彻底的根除肛瘘，必须行手术治疗，平时可以保持肛周清洁，经常用中药进行坐浴或熏洗，可以起到清热解毒、消肿止痛的作用，常用的药物有五倍子汤、苦参汤等。手术的关键在于正确寻找内口，将内口也就是感染源彻底的清除，另外尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁。根据肛瘘瘘管位置的高低，选择不同的手术方式，术后应当积极的切口换药，防止出现假性愈合，导致肛瘘复发。