支气管镜的检查首先应该挂呼吸内科进行诊治，因为支气管镜检查多要涉及到呼吸系统疾病。例如，肺炎、肺不张、支气管结核、肺部肿瘤、肺部占位等改变。通过呼吸科医生根据其肺部病变选择支气管镜的检查，通过此检查可以明确肺部病变的原因。如由细菌感染引起的肺部感染，此时多需要予以有效的抗生素抗感染治疗。当支气管镜刷检找到结核杆菌时，多需要予以有效的抗结核治疗。对于部分患者因肺癌引起的肺不张，如果患者此时处于终末期，患者多需要经过呼吸内科医生予以化疗、放疗、分子靶向药物等综合治疗。但对于早期肺癌的患者，可以通过协同胸外科一起来治疗。胸外科医生评估其有无适应症，予以早期手术切除能达到临床治愈的目的。