射精的时候输精管疼痛，主要考虑输精管出现了炎症所引起的，如果是因为输精管炎症，就需要静脉或者口服消炎药来治疗，如左氧氟沙星或者阿奇霉素等等。还有一些泌尿生殖系统炎症，也会导致射精的时候输精管出现疼痛，比如前列腺炎、睾丸炎等疾病。输精管出现肿瘤、结石或者男性患有包茎的时候，也会出现射精的时候输精管疼，这种情况需要手术进行治疗。包茎的可以做包皮环切手术，有结石的可以通过碎石来治疗这些原发疾病。输精管疼痛一定要谨慎对待，比如输精管炎这种疾病长期会导致输精管梗阻，进一步可能会对男性的生育造成影响。