单磷酸阿糖腺苷主要用于治疗慢性乙型肝炎和其他病毒性感染，如带状疱疹单纯疱疹、生殖器疱疹等，在手足口病以及儿童水痘方面也有一定的疗效，临床应用科室较为广泛，不良反应轻微，是一个相对来说比较安全的药物。其不良反应程度与给药剂量以及疗程呈向相关，一般剂量不超过十毫克每公斤每日用量时产生的副作用轻微或不明显，当超过十毫克每公斤体重，每天的用量时可见食欲不振、头晕、耳鸣、全身乏力、恶心等，有的患者可见注射部位的疼痛。极少情况下又出现神经肌肉疼痛以及关节疼痛，偶尔可见血小板减少以及骨髓巨细胞增多的现象。停药后可自行恢复，多为可逆性，必要时可给予对症治疗。