慢性咽炎的发病原因有局部因素和全身因素，局部因素主要有急性咽炎反复发作，各种鼻病及呼吸道慢性炎症。长期张口呼吸及炎性分泌物的反复刺激，咽部或受到慢性扁桃体炎，牙周炎的影响烟酒过度、粉尘有害气体的刺激、辛辣的食物都可以引起本病。全身性因素主要有贫血、消化不良、下呼吸道的慢性炎症、心血管疾病、内分泌功能紊乱、维生素缺乏及免疫功能低下，也可以引起慢性咽炎。