褪黑素本身是由人松果体分泌的一种激素。可以说是一种人自身分泌的内源性物质，额外的把它制成保健品而已。所以它对人体的副作用很少，或者是很轻。同时它在人体内代谢的时间也非常短，一般情况下服用后半天内基本就可以降低到正常的生理水平，所以毒性也是很小的。目前的副作用有少数人在使用后可能会出现头晕，头痛，以及恶心的症状。还有少数人使用后出现了嗜睡的情况。但是相对来说这种药物或者保健品安全性还是比较高的。