驾驶证扣分超过12分的处理方法如下：
1、首先，根据交通法规，机动车驾驶人在一个计分周期内达到12分的累积记分，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证；
2、机动车驾驶人应当在十五日内到机动车驾驶证核发地的公安机关交通管理部门参加七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习；
3、机动车驾驶人参加学习后，车辆管理人员应当在20日内进行道路交通安全法律、法规及相关知识考试，考试合格，记分予以清除。