阴茎里面有疙瘩可能的原因：第一、如位于尿道，则可能为尿道结石。当泌尿系结石经治疗后排出时，梗阻在尿道可造成局部的疼痛。如位于前尿道，用手可以摸到尿道内有硬结，并且伴有疼痛感，需要进行尿道镜检查确诊。第二、尿道炎或者尿道狭窄。这时可以出现局部瘢痕而造成硬疙瘩的情况，用手触摸时质地较硬伴有排尿的异常，如排尿费力或者排尿不畅等，建议进行尿道镜检查。第三、如果疙瘩位于阴茎海绵体多考虑阴茎硬结症，多为感染引起。急性期可有肿胀、疼痛，慢性期后无任何症状，但可在勃起时出现局部疼痛或者造成勃起时弯曲等。需要进行进一步的检查，如阴茎的彩色多普勒超声检查确诊。