生殖器疱疹反复发作的原因可能与病毒潜伏感染、某些因素刺激的情况下病毒再次繁殖有关。生殖器疱疹主要由单纯疱疹病毒Ⅱ型(HSV-2)感染引起，HSV-2感染人体后，病毒一般不能完全被清除，感染者多终生携带病原体，并以潜伏感染的形式局限在感觉神经后根。当受外界因素刺激，如物理、情感压力、月经来潮、外周组织损伤或服用某些激素后，可重新激活病毒繁殖，引起复发。HSV的潜伏性是有效治疗和彻底清除该病毒的最大障碍。病毒潜伏感染是复发的根本原因，宿主免疫功能正常是防止感染复发的关键。