女性肾结石，小便痛的原因是由于结石造成尿路感染而出现的尿路刺激症状。除了尿痛之外，还会表现为尿频、尿急和尿不尽的症状，因为结石是一种异物，在体内存留的时间久了就会引起感染。在进行肾区叩击痛检查时，一般会表现为肾区叩击痛阳性。而且严重的还会出现发热的情况。如果出现上述症状，建议尽快应用抗生素来控制感染，建议通过静脉输液的方式来治疗，最常选用的抗生素，一般是建议选用头孢类的抗生素，或者是喹诺酮类的抗生素，比如盐酸左氧氟沙星或者是头孢替胺等这类药物。炎症控制以后，再根据结石的部位不同，大小不同，选择不同的诊疗方案和治疗计划来处理肾结石。可以通过物理排石、输尿管软镜碎石和体外冲击波碎石，经皮肾镜的方式来治疗和处理。