巧克力囊肿的时候，如果症状很严重，比如疼痛很疼很剧烈，每次月经来的时候都疼痛难忍，彩超提示两种的直径超过五公分，都是有手术指征的；或者想怀孕，但是很久未怀上，发现有巧克力囊肿，这个时候也是可以手术的手术来说。建议月经干净3至5天住院手术，这个时间段手术的，出血量会相对少些，手术之后一定要进行巩固治疗，建议使用gnrha进行皮下注射，一般来说，需要3至6个周期，可以有效缓解症状。症状缓解后，建议尽快妊娠。