吗替麦考酚酯的主要副作用包括：1.感染出现细菌感染，大剂量吗替麦考酚酯治疗过程中，可合并各种细菌感染，吗替麦考酚酯所致的病毒感染，多为巨细胞病毒、疱疹病毒等，吗替麦考酚酯也可导致念珠菌、曲霉菌等真菌感染。2.胃肠道症状空腹服用可以出现腹泻、腹胀、腹痛等，多在减量后好转，然后任何逐渐加至原剂。3.骨髓抑制可有白细胞减少，个别可出现贫血，减量后可恢复，但较快出现的严重贫血，如两周内下降达2克每分升，则应及时停药，血小板减少罕见，如血小板下降达60乘10的九次方每升，应及时停。4.其他的副作用个别病人可出现一过性的，谷丙转氨酶的升高，如不伴有黄疸，可观察并继续用药，多可以在二到四周左右恢复至正常。