东南大学是教育部、中国工程院联合实施高等工程教育改革试点的十所高校之一，是教育部“卓越工程师教育培养计划”和“国家大学生创新性实验计划”首批实施高校；是教育部、卫生部第一批“卓越医生教育培养计划”项目试点高校之一，是拔尖创新医学人才培养模式改革试点和五年制临床医学人才培养模式改革试点学校之一，是中国三所开设少年班高校之一。