肛瘘病的治疗包括药物治疗和手术治疗。一般对于间歇期和发作期，可以选择使用药物，比如用中草药坐浴，用消毒液坐浴，配合外用的抗菌的软膏，来消除炎症反应，感染比较明显可以使用抗生素。手术治疗是主要的手段，基本原则就是去除病灶，使引流畅通，尽可能的去减少肛门括约肌的受损，能够保护肛门的功能，并且还可以选择挂线疗法，以及中医的治疗方法。