生殖器疱疹的治疗主要是口服，以及外用药物治疗，口服药物可以选择阿昔洛韦，伐昔洛韦分散片，以及泛昔洛韦，外用药物可以选择阿昔洛韦乳膏，喷昔洛韦乳膏，或者是炉甘石洗剂，如果局部继发感染，可以选择莫匹罗星软膏，夫西地酸乳膏，或者新霉素霜。