慢性结肠炎的患者的治疗包括一般的治疗，一般的治疗就是饮食的调理和补充营养，给予高营养、少渣的食物，补充叶酸、维生素B12等多种微量元素及维生素，腹痛腹泻时可给予抗胆碱药。合并感染的患者，静脉途径可以给予抗生素药物。治疗方面主要有氨基水杨酸制剂，对控制轻中型患者活动性有一定疗效。主要适用于病变局限在结肠者，糖皮质激素控制病情活动最有效的药物，适用于本病活动期。活动性强的患者可加用氨基水杨酸制剂或者免疫抑制剂，个别患者并发肠梗阻瘘管或者是脓肿形成急性穿孔或者不能控制的大量出血，需要手术治疗。