早上起来小便后小腹痛可能是合并了尿路感染的情况。病人还可能会伴随用尿频、尿急、尿灼热感等情况。注意完善尿常规、中段尿培养、肾功能、泌尿系统超声等检查综合评估判断。明确是尿路感染情况后，注意至泌尿科专科就诊。可以在医生指导下应用广谱的抗感染药物治疗。同时注意多喝水，保持会阴部的清洁卫生，注意根据中段尿培养的结果，及时调整敏感的抗生素治疗。感染控制后及时减量或者是停用抗生素治疗。避免抗生素长期大量应用引起二重感染。应用中医中药的方法也能够改善小便后小腹痛的情况，比如可以应用三金片或者是石淋散来辩证加减改善症状。