原发性肾小球肾炎发病机制尚未完全明确，多数是是免疫介导性炎症疾病。一般认为，免疫反应是肾小球疾病的始动机制，在此基础上，炎症介质如补体、细胞因子、活性氧等参与，最后导致肾小球损伤，并产生临床症状。在肾小球疾病的慢性发展过程中，也有非免疫非炎症机制参与，如肾小球毛细血管内高压力、蛋白尿、高脂血症等。此外，遗传因素在肾小球疾病的易感性、疾病的严重性和治疗反应方面起重要作用。一些继发性的肾炎原因可以是多种多样，如系统性红斑狼疮、过敏性紫癜、乙型肝炎都可以引起肾脏损害。