生殖器疱疹的实验室诊断的金标准是，病毒分离培养法。病毒分离培养法敏感性和特异性好，但对实验室条件要求高，耗费时间更长。其原理是取自皮损、尿道内、宫颈管的标本，接种于含贴壁生长细胞，或原代细胞的培养基中，接种培养后，通过观察细胞病变来判断结果。不同类型的皮损的单纯疱疹，病毒分离培养和敏感性是不一样的，其中以水泡型皮损最高。