卵巢囊肿怎么治疗与卵巢囊肿是位于左边还是右边没有关系，而与卵巢囊肿的性质有关。卵巢囊肿根据种类不同，可以分为卵巢生理性囊肿、卵巢炎性肿物、卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是卵巢巧克力囊肿，以及卵巢上皮性肿瘤，包括浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等等。治疗方式如下：一、对于卵巢的生理性囊肿，不需要进行治疗，往往在月经后半期出现，经过2-3个月的月经周期之后的复查，卵巢囊肿一般会缩小甚至消失。二、卵巢子宫内膜异位囊肿则是需要进行治疗的，小的卵巢巧克力囊肿可以进行保守治疗、药物治疗或者中药化瘀治疗；对于较大的卵巢子宫内膜异位囊肿则需要手术治疗。三、卵巢炎性囊肿一般可以给予抗炎治疗，如果抗炎治疗无效，则可以进行手术治疗。四、而对于卵巢上皮性的肿瘤，包括浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等等，还是建议进行手术治疗，因为需要与卵巢恶性肿瘤来进行鉴别，以免发生漏诊。