阴茎根部长肉疙瘩需要根据长的位置来决定具体的情况。如果肉疙瘩长在阴茎海绵体内，这种情况多考虑为阴茎硬结症，阴茎硬结症又被称为阴茎海绵体血管平滑肌脂肪瘤，主要表现为阴茎内部有硬疙瘩，而且在勃起的时候会出现疼痛，严重的会影响到阴茎的勃起。如果肉疙瘩长在阴茎根部表面，这种情况就考虑为尖锐湿疣，尖锐湿疣属于性病，主要通过性生活进行传播，一般表现为乳头状或者是菜花状的突起。