临床上，针对支原体衣原体患者的治疗主要以一般治疗和药物治疗为主。支原体衣原体感染的患者主要以呼吸系统病变为主，一般治疗主要是注意生活环境的空气流通，调整睡眠质量，饮食上应以高蛋白、高维生素含量的食物为主。同时对于重度患者需要检测脉搏和血压的变化。药物治疗上最常用的主要是大环内酯类药物以及四环素类药物。大多数患者在及时治疗的情况下预后良好，甚至治愈。但是个别严重的患者，治疗不当也可能转为慢性疾病甚至引起死亡的发生。