患有先天性二糖酶缺乏症症，在临床上主要是以限制饮食来进行治疗，通常是要进食奶类及含有乳糖的食物。轻者牛奶限量，重者完全禁食，婴儿可给予无糖牛奶，或者加入糖酶，蔗糖异麦芽糖酶缺乏者应该限制蔗糖的摄入，必要时限制淀粉摄入。如果是海藻糖酶缺乏症症，那么要进食蘑菇类、原发性二糖酶缺乏症往往与遗传的因素有关。一般通过进食乳类及含有乳糖的食物，即积极的治疗，那么可以改善症状。