肛门囊肿需要进行手术治疗。肛门囊肿一般包括皮脂腺囊肿、表皮样囊肿，以及局部化脓性感染所引发的肛周脓肿，无论是哪种疾病，均需要通过手术治疗，具体如下：首先对于肛门周围皮脂腺囊肿，以及表皮样囊肿，平时没有临床症状，表现为肛门周围异常的肿物。需要择期进行手术切除，才能完全治愈。其次对于因化脓性感染所导致的肛周脓肿，需要进行手术切开脓腔，并保证脓液引流通畅。目前在临床医学上对于肛周脓肿，大多采取一次性根治术，这样可以防止术后发展成肛瘘，而需要进行二次手术。